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Z机所下辖三大部门：后勤指挥部、信息资源部、科技研发部

（“Z”为朝辉共和国的首写拼音字母简称）

分所分列七处：东部海域近岸、南部海域近岸、西北部沙漠边缘、东北旧工业基地、西部高原中海拔荒区/无人区、东南部热带雨林、中部城郊环林山区。均遁匿于地底、海底或山体内部的掩体内。

每个科技项目由该项目组组长主导，每一至三个项目组对应着一“处”科研级别（即项目处）和一名综合型科学家顾问（项目处负责人）。

独立项目处只包含一个项目组，也是重点专项。

职级架构：总督司、督司、总顾问（分部负责人）、顾问（项目处负责人）、组长、组员/特勤人员

Z机所南海区科技研发部（简称“科研部”）内驻539位顶尖科学家，成立了24个项目处，56个项目组。

先科处（“先进科研项目处”简称），具体包含“超流超导”“可控核聚变”“量子物理”三个项目组

信息资源部（简称“信资部”）负责培养与储备情报收集类、武艺体技类、综合型特工类人员，以及优秀心理师、文艺史地政治社会经济考古学家等等。信资部负责训练培养的特勤人员由后勤指挥部直属管理。

后勤指挥部（简称“后指部”）是z机所的组织部门，后指分部（分所的后指部）成员由督司、总顾问、部分顾问等中高层管理人员及少数组长兼任，而总所的后指总部，作为Z机所象牙塔顶端的核心部门，是由部分军政高层领导、所有分所督司、部分分所总顾问及少数专职特异性人员组成。

机密所的“双栖”规则：一季度内勤，一季度外勤，如此轮换，特殊情况可协调

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